Может ли сотрудник временно отключить StaffCounter?

Да, может. Даже без прав администратора сотрудник может открыть программу и остановить мониторинг. Однако после перезагрузки компьютера StaffCounter автоматически запустится снова.

Если значок StaffCounter присутствует в строке меню (а в случае облачного сервиса он есть всегда), сотрудник может с его помощью временно приостановить мониторинг на час или полчаса, в зависимости от версии. По истечении этого времени мониторинг возобновится автоматически. Кроме того, существует команда для полного прекращения мониторинга.
В этом случае в журнале активности появится запись «Мониторинг остановлен пользователем» или «Мониторинг приостановлен пользователем».